پروبیوتیک و سلامتی، ارتباط زیادی با یکدیگر داشته و این ارتباط تاریخچه ای قدیمی دارد. اگر چه تحقیقات متعدد در این زمینه تأییدی بر این باور قدیمی است، آگاهی عمومی نسبت به ارتباط بین سلامتی و تغذیه، جایگاه خاصی برای معرفی محصولات پروبیوتیک ایجاد نموده است. طوری که به تازگی توجه ویژه ای به محصولات غذایی فراسودمند دارای اثرات سلامتی بخش در کنار حفظ ارزش تغذیه ای شده است. اثرات سودمند زیادی در مصرف پروبیوتیک از جمله بهبود سلامتی دستگاه گوارش، بهبود علائم عدم تحمل لاکتوز و کاهش ریسک بیماری های مختلف مطرح شده است. امروزه سویه های متعددی از جنس های لاکتوباسیلوس، بیفیدوباکتریوم و باسیلوس ها برای مصارف انسانی در دسترس است.
مصرف پروبیوتیک به زمانی برمی گردد که انسان شیر تخمیر شده مصرف می کرد. در واقع ارتباط میکروب های مفید (پروبیوتیک ها) و سلامتی از یک قرن پیش مورد توجه قرار گرفته است. زمانی که Metchnikoff به عوارض جانبی میکروفلورهای رودۀ بدن میزبان توجه نمود و پیشنهاد داد که مصرف شیر تخمیری می تواند این عوارض که به عنوان atuo-intoxication در نظر گرفته می شود را بهبود دهد.
در سال 1965، Llley و Stillwell از واژۀ پروبیوتیک به معنی میکروارگانیسم های سودمند استفاده نمودند. در سال 1989 از پروبیوتیک به عنوان یک مکمل غذایی حاوی میکروب های زنده که به طور مؤثری باعث بهبود تعادل میکروبی میزبان می شود، یاد شد. در نهایت WHO/FAO در سال 2001 پروبیوتیک ها را به عنوان میکروارگانیسم های زنده ای تعریف کرد که اگر به مقدار کافی مصرف شوند، سبب ارتقای سلامتی می شوند.
نتایج مطالعات مختلف نشان داده است که میکروارگانیسم های مفید روده فعالیت های متابولیکی زیادی از جمله تخمیر باقیمانده های غذای روزانه جذب نشده و موکوس های داخل روده ای، ذخیرۀ انرژی، تولید ویتامین و کمک به یون ها به خصوص کلسیم را به عهده دارند. همچنین پروبیوتیک ها در پرولیفراسیون و تمایز سلول های اپیتلیال، پیشرفت و هموستاز سیستم ایمنی نقش مهمی را دارند.
شیرهای تخمیری به عنوان اولین غذای حاوی پروبیوتیک محسوب می شوند. به مرور زمان انسان ها دریافتند، شیرهای تخمیری طعم مناسبی دارند و بعد از مدتی آموختند چگونه شیرهای تخمیری را به پنیر، ماست و دیگر فرآورده های لبنی تبدیل کنند. آمارا و همکاران به بررسی بعضی از پروبیوتیک هایی پرداخت که توسط تمدن فراعنه مصرف می شد و هم اکنون نیز توسط مصریان مصرف می گردد. نتایج این تحقیقات نشان داد مردم مصر این پروبیوتیک ها را در طی سال های متمادی از فرآوردهای غذایی شامل شیر، غلات، ماهی و دیگر محصولات تخمیری کسب می نمایند. این در حالی است که مچنیکوف، برندۀ جایزۀ نوبل پزشکی در سال 1908، در انستیتو پاستور اولین کسی بود که اثر آنچه که امروزه پروبیوتیک نامیده می شود را کشف کرد.
او سلامتی و طول عمر را مرتبط با مصرف باکتری های اسید لاکتیک موجود در ماست می دانست. او ادعا نمود بین طول عمر طولانی و سلامتی بلغارها و مصرف ماست حاوی گونه های مختلف باکتری های اسید لاکتیک ارتباط وجود دارد. او عقیده داشت، باکتری های اسید لاکتیک (پروبیوتیک ها) می توانند هضم ترکیبات غیرطبیعی را مشابه آن چه انجام دهند که نشخوار کنندگان برای هضم غذاهای سنگین همچون سبزیجات حجیم اتفاق می افتد. در ژاپن، در دهۀ1930،Shirota موفق به جداسازی باکتری های مفید شد. این سویه ها برای تولید شیرهای تخمیری و تست این شیرها بر روی بیماران استفاده نمود. او محصولات تولیدی خود را با نام Shirota به بازار عرضه نمود. در حال حاضر روزانه 27 میلیون بطری شیر تخمیری Shirota با نام تجاری YAKULT تولید می شود.